【公開日：2023.07.28】【最終更新日：2023.05.16】
課題データ / Project Data
課題番号 / Project Issue Number
22NM0005
利用課題名 / Title
ペプチドフィンガーマッピング(PFM)による微生物タンパク質の同定
利用した実施機関 / Support Institute
物質・材料研究機構 / NIMS
機関外・機関内の利用 / External or Internal Use
外部利用/External Use
技術領域 / Technology Area
【横断技術領域 / Cross-Technology Area】（主 / Main）物質・材料合成プロセス/Molecule & Material Synthesis（副 / Sub）-
【重要技術領域 / Important Technology Area】（主 / Main）次世代バイオマテリアル/Next-generation biomaterials（副 / Sub）-
キーワード / Keywords
質量分析/Mass spectrometry
利用者と利用形態 / User and Support Type
利用者名（課題申請者）/ User Name (Project Applicant)
押木 守
所属名 / Affiliation
北海道大学大学院工学研究院環境創生工学部門水質変換工学研究室
共同利用者氏名 / Names of Collaborators in Other Institutes Than Hub and Spoke Institutes
ARIM実施機関支援担当者 / Names of Collaborators in The Hub and Spoke Institutes
利用形態 / Support Type
（主 / Main）機器利用/Equipment Utilization（副 / Sub）-
利用した主な設備 / Equipment Used in This Project
報告書データ / Report
概要（目的・用途・実施内容）/ Abstract (Aim, Use Applications and Contents)
本事業では環境微生物から分離・精製したタンパク質の同定を質量スペクトルデータとMASCOTを用いて行った。タンパク質抽出、前処理(トリプシン消化・脱塩)、質量スペクトル測定を所属機関で実施し、得られた質量スペクトルデータおよび検索用データベースのデータを送付、MASCOTを遠隔操作することで同定作業を実施した。MASCOT検索操作を問題無く実施できることを確認し、タンパク質同定作業を遠隔操作で行うことに成功した。
実験 / Experimental
嫌気性アンモニウム酸化(anammox)細菌から界面活性剤を用いて、総タンパク質を抽出した。総タンパク質を限外ろ過膜上でトリプシン消化し、トリプシン消化物についてLC/MS/MS分析を実施した。MS測定データからMSピークリストを出力し、MASCOT検索の入力データとした。また、MASCOT検索にて参照データベースとなるanammox細菌のの全タンパク質配列データをNCBIよりダウンロードした。MSピークデータおよび全タンパク質配列データを物質・材料研究機構のPCサーバーへアップロードし、同定ソフトウェア MASCOTがインストールされたPCに北海道大学からリモートデスクトップを用いて接続・遠隔操作を行うことでMASCOT検索を行った。
結果と考察 / Results and Discussion
北海道大学からリモートデスクトップを介して遠隔接続し、MASCOT検索を実施した。今回解析したLC/MS/MSデータから合計で500種程度の主要タンパク質が同定され、半定量的な定量データ(emPAIスコア)を得ることができた。本共同利用では、装置ではなく同定ソフトウェアの利用のみを目的としており、具体的な移動を伴わずにデータの電子的なやりとりのみで、遠隔地から操作・解析ができる環境は極めて魅力的である。こうした遠隔操作できる共同・共通利用機器の存在は国内のあらゆる研究者に大きな恩恵をもたらす仕組みであり、本システムの活用が大いに期待される。
図・表・数式 / Figures, Tables and Equations
その他・特記事項（参考文献・謝辞等） / Remarks(References and Acknowledgements)
LC/MS/MS分析は北海道大学GFCの機器分析受託サービスにて実施いただいた。NIMS 服部晋也様には利用申請、遠隔サーバー接続の方法、接続トラブルの解決に大変丁寧にご対応いただいた。ここに記して感謝の意を示す。
成果発表・成果利用 / Publication and Patents
論文・プロシーディング（DOIのあるもの） / DOI (Publication and Proceedings)
口頭発表、ポスター発表および、その他の論文 / Oral Presentations etc.
特許 / Patents
特許出願件数 / Number of Patent Applications：0件
特許登録件数 / Number of Registered Patents：0件