【公開日：2024.07.25】【最終更新日：2024.06.17】
課題データ / Project Data
課題番号 / Project Issue Number
23NU0445
利用課題名 / Title
ペプチドシグナリングを介した植物の形態形成・環境応答機構
利用した実施機関 / Support Institute
名古屋大学 / Nagoya Univ.
機関外・機関内の利用 / External or Internal Use
内部利用（ARIM事業参画者以外）/Internal Use (by non ARIM members)
技術領域 / Technology Area
【横断技術領域 / Cross-Technology Area】（主 / Main）物質・材料合成プロセス/Molecule & Material Synthesis（副 / Sub）-
【重要技術領域 / Important Technology Area】（主 / Main）その他/Others（副 / Sub）-
キーワード / Keywords
質量分析/ Mass spectrometry
利用者と利用形態 / User and Support Type
利用者名（課題申請者）/ User Name (Project Applicant)
大西 真理
所属名 / Affiliation
名古屋大学大学院理学研究科
共同利用者氏名 / Names of Collaborators in Other Institutes Than Hub and Spoke Institutes
ARIM実施機関支援担当者 / Names of Collaborators in The Hub and Spoke Institutes
森 大
利用形態 / Support Type
（主 / Main）技術代行/Technology Substitution（副 / Sub）-
利用した主な設備 / Equipment Used in This Project
報告書データ / Report
概要（目的・用途・実施内容）/ Abstract (Aim, Use Applications and Contents)
これまでに発見した分泌型ペプチドホルモン－受容体ペアについて，受容体下流の細胞内情報伝達カスケードを明らかにするため，受容体と相互作用するタンパク質群をIP-MSで網羅的に同定する．今回はタンパク質の同定数を増やすことを目的とし，当研究室で所有しているOrbitrap Exploris (Thermo Scientific)であらかじめ測定・解析を行ったサンプルを用いてtimsTOF Pro (BRUKER)での測定・解析を行った．
実験 / Experimental
あらかじめOrbitrap Exploris (Thermo Scientific)による測定・解析を行った６サンプルを用いて以下の２通りの測定をtimsTOF Pro (BRUKER)で行った．
①各サンプルの原液を0.1％TFA2％ACNで10倍希釈したものを7.25uL注入してN＝1で測定（DDAモード，2時間分析）
②各サンプルの原液を2uL注入してN＝1で測定（DIAモード，2時間分析）
測定後，FragPipeおよびDIA-NNなどのソフトウェアによるペプチド・タンパク質の同定と比較定量を行った．また，Rawファイルからmgfファイルに変換していただき，依頼者にてProteome Discoverer 2.5によるデータ解析を行うと共に，Orbitrap Explorisで測定したRawデータをFragPipeで解析していただくことでMSの違いによるタンパク質の同定比較を行った．
結果と考察 / Results and Discussion
timsTOF ProとOrbitrap Explorisの測定形式が異なり，timsTOF Proでの測定情報をProteome Discovererで解析するためには一部の情報を除く必要があったため，完全に２者比較することはできなかったが, Orbitrap Explorisでは検出されなかったタンパク質の同定ができた．また，Orbitrap Explorisで候補となっていたタンパク質郡に関しては絞り込みをすることができた．
図・表・数式 / Figures, Tables and Equations
その他・特記事項（参考文献・謝辞等） / Remarks(References and Acknowledgements)
今回の4D-プロテオミクス解析装置測定にあたってご支援下さった名古屋大学 未来社会創造機構 森大特任講師およびARIMに感謝いたします．
成果発表・成果利用 / Publication and Patents
論文・プロシーディング（DOIのあるもの） / DOI (Publication and Proceedings)
口頭発表、ポスター発表および、その他の論文 / Oral Presentations etc.
特許 / Patents
特許出願件数 / Number of Patent Applications：0件
特許登録件数 / Number of Registered Patents：0件